W pionie Prorektora ds. Nauki działa

• Biuro Nauki

Prorektor ds. Nauki sprawuje nadzór nad następującymi jednostkami ogólnouczelnianymi:

• Biblioteka Główna
• Centrum Administracyjnego Wsparcia Projektów
• Centrum Transferu Technologii
• Akademicki Inkubator Przedsiębiorczości
• Centrum Badawcze Ochrony i Rozwoju Ziem Górskich
• Europejskie Centrum Badawcze Drobnych Gospodarstw Rolnych
• Centrum Innowacji oraz Badań Prozdrowotnej i Bezpiecznej Żywności
• Obserwatorium Rozwoju i Dziedzictwa Kulturowego Regionów
• Centrum Badawczo-Rozwojowe Rolnictwa 4.0