Jednostki ogólnouczelniane
w pionie Prorektora ds. Nauki:
- Biblioteka Główna /BG/
- Centrum Administracyjnego Wsparcia Projektów /CAWP/
- Centrum Transferu Technologii /CTT/
- Akademicki Inkubator Przedsiębiorczości /AIP/
- Ośrodek Medycyny Eksperymentalnej i Innowacyjnej
w pionie Prorektora ds. Współpracy z Zagranicą:
- Szkoła Doktorska /SD/
- Europejskie Centrum Badawcze Drobnych Gospodarstw Rolnych Uniwersytetu Rolniczego Im.Hugona Kołłątaja w Krakowie /ECBDGR/
- Centrum Naukowe Biotechnologii Uniwersytetu Rolniczego Im.Hugona Kołłątaja w Krakowie /CNB/
- Centrum Badawcze Ochrony i Rozwoju Ziem Górskich Uniwersytetu Rolniczego im. Hugona Kołłątaja w Krakowie /CBOiRZG/
w pionie Prorektora ds. Kształcenia:
- Studium Języków Obcych /SJO/
- Studium Wychowania Fizycznego /SWF/
- Studium MBA /MBA/
- Centrum Kultury i Kształcenia Ustawicznego /CKiKU/
- Zespół Domów Studenckich /ZDS/
w pionie Prorektora ds. Ogólnych:
- Uniwersyteckie Centrum Medycyny Weterynaryjnej /UCMW/
- Leśny Zakład Doświadczalny w Krynicy-Zdroju /LZD/
- Rolnicze Gospodarstwo Doświadczalne Uniwersytetu Rolniczego im. Hugona Kołłątaja w Krakowie /RGD/
- Wydawnictwo UR /WUR/