Pierwsze próby nauczania rolnictwa na poziomie akademickim podjęto w Polsce pod koniec XVIII wieku.
W 1776 r. ks. Hugo Kołłątaj zaproponował wprowadzenie do projektu reform Szkoły Głównej Koronnej postulatu o utworzeniu Katedry Rolnictwa. Powołana w 1806 r. Katedra Gospodarstwa Wiejskiego istniała tylko trzy lata. Późniejsze wielokrotne starania o wznowienie nauczania rolnictwa w Akademii Krakowskiej nie zostały zrealizowane. Dopiero w 1890 r. przy Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego powstało 3-letnie Studium Rolnicze, przekształcone w 1923 r. w Wydział Rolniczy UJ. Pomyślny rozwój Wydziału przerwała II wojna światowa. W trudnych warunkach okupacji organizowano studia konspiracyjne i tajne nauczanie. Po wojnie Wydział wznowił swoją działalność rozbudowując struktury i w 1946 r. przekształcony został w Wydział Rolniczo-Leśny. Trzy lata później w 1949 r. powołano na Uniwersytecie odrębny Wydział Leśny, na który niestety w 1951 r. wstrzymano rekrutację.
Wydział Rolniczy UJ stanowił podstawę utworzenia w 1953 r. Wyższej Szkoły Rolniczej w Krakowie. Odegrał on istotną rolę w kształceniu studentów i kadry naukowej, która przyczyniła się do rozwoju Uczelni oraz powstania w jej strukturach kolejnych wydziałów.
Wyższą Szkołę Rolniczą w 1972 r. przemianowano na Akademię Rolniczą, a rozporządzeniem Rady Ministrów z 12 września 1978 r. nadano imię Hugona Kołłątaja – prekursora nauk rolniczych w Polsce.
11 kwietnia 2008 roku Uczelnia uzyskała status Uniwersytetu Rolniczego im. Hugona Kołłątaja w Krakowie.
Rok 1910
Ważniejsze daty w historii Uczelni
| 1776 | Postulat utworzenia w Akademii Krakowskiej Katedry Rolnictwa |
| 1806 - 1809 | Katedra Gospodarstwa Wiejskiego |
| 1890 - 1923 | Studium Rolnicze przy Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Jagiellońskiego |
| 1923 | Wydział Rolniczy Uniwersytetu Jagiellońskiego |
| 1946 - 1949 | Wydział Rolniczo-Leśny Uniwersytetu Jagiellońskiego |
| 1949 | Wydział Rolniczy i Wydział Leśny Uniwersytetu Jagiellońskiego |
| 1953 - 1972 | Wyższa Szkoła Rolnicza |
| 1972 | Akademia Rolnicza |
| 1978 | Akademia Rolnicza im. Hugona Kołłątaja w Krakowie |
| 2008 | Uniwersytet Rolniczy im. Hugona Kołłątaja w Krakowie |
Historia powstania wydziałów
| 1953 | Wydział Zootechniczny (obecnie Wydział Hodowli i Biologii Zwierząt) |
| 1955 | Wydział Melioracji Wodnych (obecnie Wydział Inżynierii Środowiska i Geodezji) |
| 1963 | Wydział Leśny (reaktywowany) |
| 1968 | Wydział Ogrodniczy |
| 1973 | Zamiejscowy Wydział Ekonomiki i Obrotu Rolnego w Rzeszowie (włączony w struktury Uniwersytetu Rzeszowskiego w 2001 r.) |
| 1977 | Wydział Techniki i Energetyki Rolnictwa (później - Wydział Agroinżynierii, a obecnie Wydział Inżynierii Produkcji i Energetyki) |
| 1994 | Wydział Technologii Żywności |
| 2003 | Międzywydziałowe Studium Biotechnologii (obecnie Wydział Biotechnologii i Ogrodnictwa) |
| 2009 | Architektura Krajobrazu – Studia międzywydziałowe |
| 2010 | Uniwersyteckie Centrum Medycyny Weterynaryjnej UJ-UR |
| 2014 | Przekształcenie Wydziału Ogrodniczego w Wydział Biotechnologii i Ogrodnictwa |
| 2014 | Włączenie Architektury Krajobrazu - Studiów Międzywydziałowych w strukturę Wydziału Inżynierii Środowiska i Geodezji |